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Randy und Wheeler fällt es schwer, sich an ihre neuen Posten zu gewöhnen. Und auf Lala müssen die Agenten zunächst verzichten, was nicht so gut läuft. Ein neuer Fall lässt die Ermittler jedoch aufhorchen: Ein Marine ist spurlos verschwunden. Das Team setzt alles daran, den jungen Mann zu finden. Nun kehrt auch Lala zurück und dann macht Gibbs im Wald eine schreckliche Entdeckung.

2

Ein Schwimmtraining endet für einen jungen Mann tödlich. Die Umstände seines Ablebens geben den Ermittlern allerdings Rätsel auf. Während Gibbs auf sein erstes offizielles Verhör hofft, versucht Lala zurück ins normale Leben zu finden. Wenig später macht die Agentin eine unerwartete Begegnung und erhält dabei ein verlockendes Angebot. Randy und Wheeler kehren auf ihre Posten zurück.

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Wheeler ist skeptisch, als ein gewisser Dr. Donald Mallard im Revier auftaucht, um das Team bei den Ermittlungen im aktuellen Mordfall zu unterstützen. Auch Franks ist der neue Gerichtsmediziner nicht ganz geheuer. Einzig und allein Gibbs, der Ducky noch von früher kennt, empfängt ihn mit offenen Armen. Dabei kann das Team seine Hilfe gut gebrauchen, um den mysteriösen Tod einer Frau aufzuklären.

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Lala und Mike ermitteln in einem Banküberfall mit schwerer Körperverletzung. Die Leiterin der betroffenen Filiale hat eine Wunde am Kopf davongetragen. Der Täter befindet sich auf der Flucht. Können die Agenten den Räuber ausfindig machen? Mike wird außerdem überraschend nach jahrelanger Funkstille von seinem Bruder Mason kontaktiert. Dieser steckt offenbar in Geldnöten und bittet Mike um Unterstützung. Doch die beiden Brüder sind seit Jahren zerstritten …

5

Als ein toter Chief Petty Officer in seinem Wagen von einem Zug gerammt wird und stirbt, verschlägt es die Ermittler nach Serenity in Kalifornien. Doch weder der Sheriff noch die Bewohner des kleinen Städtchens können oder wollen den Agenten Auskunft über das Opfer geben. Übereinstimmend sagen sie aus, dass es Suizid war. Gibbs findet Hinweise darauf, dass es keiner war. Bei der Autopsie findet sich ein Projektil und allen ist klar, dass es sich um Mord handelt. Als sie weitere Nachforschungen anstellen, machen sie eine unglaubliche Entdeckung. Das Crossover wird mit NCIS S23E05 Wie die Zeit vergeht (II) fortgesetzt.

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Pünktlich zu Randys Geburtstag ermittelt das Team im Fall eines toten Marines. Der Mann wurde offenbar auf brutale Art und Weise ermordet. Als Randy einen interessanten Hinweis entdeckt, geraten er und Franks in eine heftige Auseinandersetzung. Derweil nimmt Herm Wheeler genauer unter die Lupe und Lala empfängt einen ungebetenen Gast

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Wheeler macht eine interessante Entdeckung, die seinen aktuellen Fall in ein völlig neues Licht rückt. Dabei gerät er jedoch in einen Gewissenskonflikt. Privat hat er jedoch ganz andere Probleme, denn seine Frau Shelly will sich scheiden lassen. Unterdessen herrscht in der Stadt das pure Chaos … (Text: Sat.1)

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Eine Schießerei ruft das NCIS-Team auf den Plan. Bei der Aufklärung des Falls erhalten die Agenten überraschend Unterstützung. Derweil beschließt Frank, seinem Bruder Mason einen Besuch abzustatten. Und Gibbs ist ganz und gar nicht erfreut, als er von Dianes Jobangebot in L.A. hört. (Text: Sat.1)

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Ein Bombenanschlag erschüttert die Stadt und zwingt das Team zu Ermittlungen unter Hochdruck. Die Lage spitzt sich für Franks dramatisch zu, als sein eigener Bruder ins Fadenkreuz des FBI gerät und zum Hauptverdächtigen wird. Zerrissen zwischen familiärer Loyalität und dienstlicher Pflicht, muss er nicht nur die Unschuld seines Bruders beweisen, sondern auch den nächsten, verheerenden Anschlag des Bombenlegers verhindern.

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Gerade als Gibbs’ Führungsqualitäten infrage gestellt werden, bricht ein Soldat mit den Symptomen eines seltenen Virus in der Dienststelle zusammen. Für das gesamte Team wird die höchste Quarantänestufe ausgerufen. Abgeschnitten von der Außenwelt beginnt ein verzweifelter Wettlauf gegen die Zeit, in dem Gibbs beweisen muss, ob er wirklich das Zeug zum Anführer hat.

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Am Hafen wird ein toter Seemann entdeckt – ein neuer Fall für Gibbs. Doch die Ermittlungen nehmen eine unerwartete Wendung, als ein Agent des NIS aus Florida auftaucht: Pride, ein Mann, mit dem Gibbs seit Jahren auf Kriegsfuß steht. Während das Team den Mord an den Waffenschmuggel und gefälschte Ladungsprotokolle knüpft, brodelt der alte Konflikt zwischen den beiden. Ausgerechnet jetzt sollen sie gemeinsam undercover gehen.

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Am Straßenrand werden zwei erschossene Soldaten gefunden. Was zunächst wie ein spontaner Wutanfall im Straßenverkehr wirkt, entpuppt sich schnell als kaltblütiger Mord. Doch die Ermittlungen werden plötzlich unterbrochen, als Regional Director Barrett kurzerhand beschließt, Mary Jo, die gute Seele der Dienststelle, in sein Büro zu versetzen. Das Team ist außer sich – und kämpft mit allen Mitteln darum, sie zu halten.

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Als Dr. Tango wegen Diebstahls menschlicher Überreste aus einem Nationalpark verhaftet wird, kehrt Dr. Donald "Ducky" Mallard zurück, um dem Team zu helfen, seine Unschuld zu beweisen.

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Als der vertrauenswürdige K-9-Agent des Teams, Gary Callahan, an einem Tatort schwer verwundet wird, macht sich die NIS auf die Suche nach dem Schuldigen, während ein überraschendes Kapitel aus der Zeit vor Pendleton in Franks' Leben aufgedeckt wird.

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Lala hat ein gefährliches Geheimnis, das sie ihren Job kosten könnte.

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Ein hochrangiger Admiral wird beim Besuch in Pendleton Ziel eines Angriffs. Allerdings wird schnell klar, dass nicht er, sondern jemand aus seinem engsten Umfeld in Gefahr ist. Derweil bekommt Gibbs Besuch von seinem Vater, der ihm ein überraschendes Gestädnis macht. Zwischen Ermittlungsdruck und familiären Wahrheiten muss Gibbs erkennen, was ihm wirklich wichtig ist.